Aux portes de Saint-Omer, le marais Audomarois, classé d’importance internationale Ramsar, constitue la plus importante zone humide du territoire. Il faut aussi citer les marais de Guînes et de Tardinghen, ou encore la basse-vallée de la Slack et le marais de Condette. Les zones humides sont d’une importance considérable pour la biodiversité.